STAI Sufyan Tsauri Majenang Kabupaten Cilacap telah menyediakan berbagai jenis beasiswa bagi mahasiswa yang berprestasi dan atau kurang mampu, beberapa beasiswa diantaranya;
- Beasiswa BIDIKMISI dari Kementerian Agama RI disediakan bagi calon mahasiswa baru yang berprestasi dan berasal dari keluarga kurang mampu.
- Beasiswa Prestasi dan Akademik dari Kementerian Agama RI
- Beasiswa Pemagangan Industri
- Beasiswa Santri
- Beasiswa Tahfidz al-Qur’an
- Beasiswa Santri dari Yayasan